เมื่อ พ.ศ.๒๕๐๕ เกิดวิกฤตการณ์ทางการเมืองระหว่างประเทศไทยกับประเทศกัมพูชา ในกรณีเขาพระวิหารทำให้สัมพันธภาพของประเทศทั้งสองเสื่อมทรามลง จนเมื่อ มิถุนายน พ.ศ.๒๕๐๕ สถานการณ์ในพื้นที่บริเวณชายแดนเขตติดต่อกับประเทศกัมพูชาเริ่มตึงเครียด
จากสาเหตุดังกล่าว กองทัพบกจึงได้จัดตั้งหน่วยงานขึ้นเพื่อปฏิบัติภารกิจป้องกันอธิปไตยของประเทศ ตลอดพื้นที่แนวชายแดนไทยกับประเทศกัมพูชา เรียกชื่อว่า “ศูนย์ปฏิบัติการพิเศษ” โดยจัดตั้งตามจังหวัด ที่มีพื้นที่ติดต่อประเทศกัมพูชา และกำหนดหมายเลขประจำหน่วย (ศูนย์) ขึ้นแต่ละพื้นที่ ในครั้งนั้นกองทัพบกได้ประสานงานกับกองทัพเรือ เพื่อจัดตั้งศูนย์ปฏิบัติการพิเศษในลักษณะเช่นเดียวกัน โดยให้ รับผิดชอบในพื้นที่จังหวัดจันทบุรี และจังหวัดตราด กองทัพเรือได้มอบให้กรมนาวิกโยธิน (สมัยนั้น) เป็นหน่วยงานรับผิดชอบดำเนินการโดยได้จัดตั้ง เป็น ศูนย์ปฏิบัติการพิเศษที่ ๖๑ (ศปศ.๖๑) เมื่อ ๒๐ ตุลาคม พ.ศ.๒๕๐๘ โดยมี ร.อ.วิชัย โสธนะ เป็นผู้บังคับศูนย์ฯ ท่านแรก (ยศครั้งสุดท้ายได้รับพระราชทานเลื่อนยศเป็น พลเรือโท)
ศูนย์ปฏิบัติการพิเศษที่ ๖๑ (ศปศ.๖๑) เดิมมีที่ตั้ง (กองบังคับการ) อยู่ที่ค่ายตากสิน อ.เมือง จว.จันทบุรี จนกระทั่งปี พ.ศ. ๒๕๑๑ จึงได้ย้ายมาอยู่ที่ตั้งปัจจุบันนี้คือ บ.คลองตานี ต.ทับไทร อ.โป่งน้ำร้อน จว.จันทบุรี บนเนื้อที่ ๒๖๒ ไร่ เป็นอาคารกึ่งถาวรและมีสิ่งอำนวยความสะดวกพอสมควร
ศูนย์ปฏิบัติการพิเศษที่ ๖๑ เป็นหน่วยเฉพาะกิจขึ้นตรง นย.ในการจัดตั้งหน่วยครั้งแรกนั้นกำหนดให้ขึ้นควบคุมทางยุทธการกับกองทัพภาคที่ ๑ ของกองทัพบก ต่อมาเมื่อ ๒๘ เมษายน พ.ศ.๒๕๑๓ กองทัพเรือได้จัดตั้งกองกำลังด้านจันทบุรี - ตราด และจากการปรับหน่วยล่าสุด ศูนย์ปฏิบัติการพิเศษที่ ๖๑ ขึ้นควบคุมทางยุทธการกับ กองบัญชาการป้องกันชายแดนจันทบุรีและตราด / กองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายใน ภาค ๑ ส่วนแยก ๓
ศูนย์ปฏิบัติการพิเศษที่ ๖๑ เป็นหน่วยที่ถือกำเนิดมานานจนถึงปัจจุบันนี้ (พ.ศ.๒๕๕๒) เป็นเวลานานถึง ๔๔ ปี ดังที่กล่าวมาข้างต้นแล้ว ตลอดระยะเวลาที่ผ่านมา มีการผลัดเปลี่ยนกำลังพลมาปฏิบัติหน้าที่ไปแล้ว ๔๗ ผลัด (ปัจจุบันเป็นผลัดที่ ๔๘) มีผู้บังคับบัญชาหมุนเวียนมาทำหน้าที่รวมทั้งสิ้น ๓๖ นาย