ในปีพุทธศักราช ๒๔๘๖ กองทัพเรือ ได้มีนโยบายในการขยายอัตรากำลังจึงได้ดำเนินการจัดตั้งกองพันนาวิกโยธินที่ ๓ ขึ้น โดยเป็นหน่วยขึ้นตรงของมณฑลทหารเรือที่ ๒ ประกอบด้วย ๒ กองร้อยปืนเล็ก และ ๑ กองร้อยปืนกลหนัก มีที่ตั้งอยู่บริเวณฐานทัพเรือสัตหีบ ในปัจจุบัน
พ.ศ.๒๔๘๗ กองพันนาวิกโยธินที่ ๓ ย้ายเข้าที่ตั้ง ณ ค่ายตากสิน จังหวัดจันทบุรี เพื่อสนธิกำลังเป็นกองพลนาวิกโยธิน ปฏิบัติการในช่วงตอนปลายของสงครามโลกครั้งที่ ๒
พ.ศ.๒๔๙๙ กรมนาวิกโยธินได้จัดตั้งกองพันขึ้นใหม่ ๑ กองพัน เรียกว่า กองพันรักษาการณ์ ต่อมาได้แปรสภาพเป็น กองพันทหารราบที่ ๓ กรมนาวิกโยธิน เมื่อวันที่ ๒๘ เมษายน พ.ศ.๒๕๐๐ กองพันทหารราบที่ ๓ จึงได้กำหนดให้เป็นวันคล้ายวันสถาปนาหน่วย มี นาวาตรี สามารถ หงสวีณะ เป็นผู้บังคับกองพันคนแรกมีที่ตั้งอยู่ด้านหลังลานมารีน หรือ ปัจจุบันได้มีการปรับปรุงอาคารให้เป็นที่ ทำการของสหกรณ์ออมทรัพย์นาวิกโยธิน
พ.ศ.๒๕๐๕ กองพันทหารราบที่ ๓ เข้าที่ตั้งค่ายกรมหลวงชุมพร ปัจจุบันเป็นที่ตั้ง กองพันซ่อมบำรุง กรมสนับสนุน กองพลนาวิกโยธิน
พ.ศ.๒๕๒๑ กองพันทหารราบที่ ๓ เข้าที่ตั้งค่ายพระมหาเจษฎาราชเจ้า ปัจจุบันเป็นที่ตั้ง อาคาร มว.ขนส่ง พัน.ร.๑ รอ.ฯ ในปัจจุบัน
พ.ศ.๒๕๓๒ สถานที่ กองบังคับการ กองพันทหารราบที่ ๓ ในปัจจุบัน